Nato a Prato, Giovanni Pratesi si è laureato in Scienze Geologiche presso il nostro ateneo. Nel 1992 è stato nominato direttore dell’Istituto Geofisico Toscano (IGT); nel 1996 ha ottenuto, presso l’Università degli Studi di Milano, il titolo di Dottore di Ricerca in Mineralogia e Petrologia. È stato conservatore, dal 1997 al 2002, presso la sezione di Mineralogia e Litologia del Museo di Storia Naturale ed è ricercatore confermato di Mineralogia presso il dipartimento di Scienze della Terra dal 2002. Nel 2004 è stato nominato, dalla Commissione della CRUI (Conferenza dei Rettori delle Università italiane) coordinatore del gruppo di lavoro per l’individuazione degli standard catalografici mineralogici e petrografici e coordinatore della commissione di lavoro con l’ICCD (Istituto Centrale per il Catalogo e la documentazione) del Ministero per i Beni e le attività culturali. Responsabile generale del progetto per la realizzazione del Museo di Scienze Planetarie della Provincia di Prato, inaugurato nel 2005, dal 2007 ne riveste anche l’incarico di direttore scientifico.
Giovanni Pratesi è dal 2004 presidente del Museo di Storia Naturale dell’Università di Firenze.